سال ۲۳۵۰ است و اتفاقات عجیبی برای سیارات بوجود آمده، جنگی میان کهکشان ها راه افتاده است، در این میان هر کهکشان مامورانی برای از بین بردن رقبای خود دارند که قویترین آن ها SHADOWGUN نام دارد. SHADOWGUN در نقش جان اسلد (John Slade) بدنام ترین مناطق و کهکشان ها را فتح می کند... هدف شما در این بازی دستگیری دکتر ادگار سیمون (Dr. Edgar Simon) یک نابغه قاتل دیوانه است که برای این کار باید به قلعه او نفوذ کنید و با گارد امنیتی او مبارزه کنید.